Bayern-Präsident Uli Hoeneß stellte Scholl bereits im Vorjahr ein Ultimatum: Entweder U23-Trainer beim FC Bayern oder Fernseh-Experte. Beides in Kombination hätte der Verein ab der Saison 2013/14 nicht mehr toleriert. Gegenüber der Samstags-Ausgabe der Süddeutschen Zeitung äußerte sich der gebürtige Karlsruher nun erstmals zu seinem Abschied vom FC Bayern. Er betonte, dass er ohne Groll das Amt bei der zweiten Mannschaft des Rekordmeisters abgebe: "Ich bedanke mich sehr beim FC Bayern." Als Grund für den Abschied nannte der einstige Bayern-Profi seine Tätigkeit als TV-Experte bei der ARD. "Diesen Interessenkonflikt habe ich völlig falsch eingeschätzt", erklärte Scholl gegenüber der SZ.
Seine Fernsehkritik bei Länderspielen an Bayern-Nationalspielern wie Mario Gomez oder Thomas Müller war im Verein von Vorstandschef Karl-Heinz Rummenigge angeprangert worden. "Damit ist keinem gedient: dem FC Bayern nicht und auch nicht mir", so Scholl. In der kommenden Saison werde er nicht als Trainer arbeiten, sondern seinen TV-Kontrakt bis 2014 erfüllen, betonte Scholl. Der Vertrag beim Rekordmeister wäre ebenfalls noch bis ins kommende Jahr gelaufen. Die Regionalliga-Mannschaft des FCB belegt zurzeit Platz vier und besitzt noch Chancen auf den Drittliga-Aufstieg. Als Nachfolge-Kandidaten für Scholl kämen Größen wie Hermann Gerland (58), Marco Pezzaiuoli (44) oder Heiko Herrlich (41) infrage.