Pflügler wurde in der Jugend beim FC Bayern ausgebildet, wo er als einstiger U19-Bundesligaspieler auch einen Einsatz in der 3. Liga hatte. Über den TSV 1860 Rosenheim kam der Defensivspieler 2013/14 zum SV Wacker Burghausen, wo er 29 Spiele (zwei Tore) in der 3. Liga absolvierte. Nach diesem Karriere-Höhepunkt kickte er in der Regionalliga für den SV Elversberg und zuletzt zwei Jahre für den TSV Buchbach. Der hochgewachsene Innenverteidiger war vergangene Saison mit 31 Spielen (drei Tore) eine absolute Stammkraft in Buchbach. VfR-Trainer Daniel Weber erklärte nach diesem Transfer, dass er nun die Neuordnung in der defensiven Zentrale mit den Positionen der Innenverteidiger und der Doppel-Sechs abgeschlossen habe. Garching muss mit Georg Ball, Florian de Prato und Florian Wenninger nahezu alle Sechser der vergangenen Saison ersetzen. Weber sieht eine defensive Dreierkette mit Florian Pflügler im Zentrum auch als eine sehr interessante Option für die kommende Saison an. In den kommenden Tagen soll noch ein Spieler für die linke Offensivaußenbahn verpflichtet werden. Und dann kann die Regionalligasaison beginnen.
Etwas verärgert sind die Garchinger darüber, dass vor der Ligatagung am Montag, 3. Juli, noch immer kein Vorabspielplan herausgekommen ist.