Seit 2004 ist Köllner DFB-Fußballlehrer und war unter anderem bei der SpVgg Bayern Hof als Jugend- und Cheftrainer im Einsatz. Neben dem Traineramt bei den Auswahlmannschaften des Bayerischen Fußball-Verbandes war Michael Köllner auch im Trainerteam der U15-Nationalmannschaft (Jahrgang 1989) und trainierte dabei Spieler wie Marko Marin und Ron Robert Zieler.
Nachdem er zwölf Jahre lang den Posten des DFB-Stützpunktkoordinators für Ostbayern begleitete, kehrt Köllner nun wieder als Trainer auf das Fußballfeld zurück und übernimmt ab sofort als Coach die U17 der Spielvereinigung. „Ich freue mich sehr auf die neue Aufgabe und darauf von einem der größten Fußballverbände der Welt zu einem top-geführten Verein zu wechseln, der eine exzellente Nachwuchsarbeit leistet. Neben Fürth gab es weitere Vereine, die angefragt haben, aber die sehr guten Gespräche mit Herrn Hack und Herrn Gerling haben mich darin bekräftigt den Weg ins Frankenland anzutreten“, so der neue U17-Coach.
Ab sofort bereitet Köllner zusammen mit Co-Trainer Marco Ried die U17 der Spielvereinigung auf die bevorstehende Saison in der B-Junioren-Bundesliga vor. Wer seine Nachfolge als Ostbayernkoordinator antreten wird, steht derweil noch nicht fest.