Fast hätten die B-Junioren von Trainer und Nachwuchskoordinator Robert Kilin bei den Meisterschaften der besten Bayernliga-Mannschaften und der fünf teilnehmenden bayerischen Bundesligisten das Endspiel erreicht. Gegen den späteren Turniersieger Greuther Fürth (3:2 gegen FC Augsburg) führte die Jahn-Elf zur Halbzeit mit 2:1, musste sich am Ende in Coburg jedoch mit 3:4 geschlagen geben. Im „kleinen“ Finale strich man dann gegen den TSV 1860 München mit 1:3 die Segel und fuhr einen respektablen vierten Platz ein. In der Vorrunde hatte man gegen die Bayernligisten FC Ingolstadt (4:1) und Erlangen-Bruck (5:2) klar die Oberhand behalten, musste sich nur dem FC Augsburg (1:3) geschlagen geben.
Die U15 hat sich bei der Bayerischen Hallenmeisterschaft deutlich unter Wert verkauft und am Ende den siebten Platz belegt. In den ersten beiden Gruppenspielen gegen die SpVgg Greuther Fürth und die SpVgg Unterhaching, die mit 2:5 bzw. 1:4 verloren gingen, wollten die Jahn-Jungs zu viel und gingen zu verkrampft zu Werke. Durch einfache Fehler in der Defensive gingen die beiden Spiele schließlich verloren, obwohl die Ansätze in der Offensive sehr ordentlich waren. Damit war ein Einzug ins Halbfinale für die Jahn-Jungs nicht mehr möglich. Trotz einer deutlichen Leistungssteigerung ging auch das letzte Gruppenspiel gegen SV Viktoria Aschaffenburg etwas unglücklich mit 3:4 verloren. Im abschließenden Spiel um Platz 7 konnten die Jungs von A-Lizenz-Trainer Gregor Mrozek und Johannes Frisch zeigen, was sie wirklich drauf haben. Bayernliga-Konkurrent FC Schweinfurt 05 wurde mit einem deutlichen 7:2-Sieg bezwungen. „Wir haben uns leider unter Wert verkauft, da wir in den ersten Gruppenspielen zu verkrampft agiert haben. Die Jungs haben im Laufe des Turniers Moral gezeigt und sich auch spielerisch gesteigert. Leider ist dann nicht mehr als Platz 7 drin gewesen", so Trainer Gregor Mrozek. Bayerischer Hallenmeister 2013 wurde wie im Vorjahr der TSV 1860 München, der den FC Augsburg im Finale souverän mit 6:2 bezwingen konnte.