Die Bayerwald-Vereine prägten speziell in den 90er-Jahren die niederbayerische Bezirksoberliga maßgebend, doch bereits nach der Jahrtausendwende änderten sich die Kräfteverhältnisse. Der letzte Meister im Bezirksoberhaus, der aus dem "Woid" kam, war der 1. FC Miltach, der sich in der Spielzeit 2005/2006 die Krone aufsetzen konnte. In den beiden Bezirksligen setzten sich mit der SpVgg Ruhmannsfelden und dem FC Ergolding zwei namhaften Klubs durch.
Im "Sommermärchen-Jahr" hatte der 1. FC Miltach in der Bezirksoberliga die Nase vorne. Die Regentaler spielten die Konkurrenz zwar nicht in Grund und Boden, zeigten sich - im Gegensatz zu den anderen Aufstiegsanwärtern - aber relativ konstant und wurden am Ende verdient Meister. Die von Trainer-Ikone Walter "Just" Wanninger gecoachte Truppe hatte mit Kapitän Jörg Hofmann, Robert Christl und Markus Wensauer herausragende Mittelfeldspieler in ihren Reihen. Bester Torschütze des Champions war Matthias Fischl, der zusammen mit Michael Attenberger das Sturm-Duo der Kicker aus dem Oberen Wald bildete. Der TV Schierling startete im Frühjahr eine grandiose Erfolgsserie und wurde noch völlig überraschend Vize-Meister. In der Relegation bekam es die Truppe von Übungsleiter Stefan Dykiert in Neutraubling mit dem TSV Kareth-Lappersdorf zu tun. Nach 90 umkämpften Minuten zogen Brunner, Kopp, Treitinger, Zausinger & Co. knapp mit 1:2 den Kürzeren.
In der Bezirksliga Ost durfte die SpVgg Ruhmannsfelden nach drei Jahren Abwesenheit die Rückkehr in die Bezirksoberliga feiern. Die Schützlinge von Coach Viktor Stern hatten zwar nach der Winterpause eine kleine Schwächephase zu überstehen, wurden unterm Strich jedoch völlig zurecht Meister. Kuriosum: Der junge Thomas Ertl, der nach dem Aufstieg zum damaligen Bayernligisten 1. FC Bad Kötzting wechselte, wurde mit 13 Treffern interner Top-Torjäger. Zwölf(!) seiner Tore erzielte der Linksfuß dabei vom Elfmeterpunkt aus. Matthias Steinbauer brachte es auf neun Tore, Routinier Wolfgang Kammerl auf acht Einschüsse. Um den zweiten Rang lieferten sich der TSV Regen, der TV Freyung und der SV Grainet ein Kopf-an-Kopf-Rennen. Die Kreisstädter, die der junge Thomas Seidl trainierte, wurden letztendlich Vizemeister. In der Relegation scheiterten Proks, Kißlinger, Bruckdorfer und Kameraden dann mit 2:3 nach Verlängerung am SV Perlesreut und konnten in dieser Partie den Ausfall ihres Top-Spielers Pavel Hrubec nicht kompensieren.
In der Bezirksliga West waren der FC Ergolding und Neuling SV Auerbach die beiden dominanten Mannschaften. Die Landshuter Vorstädter um ihren Erfolgscoach Christian Schießl hatten nach 26. Spieltagen vier Punkte Vorsprung auf ihren einzigen ernsthaften Titel-Kontrahenten. Spielführer Michael Heckner war mit 13 Treffern bester Goalgetter, gefolgt von Roland Berger (9), Stefan Zoll und Tudor Chioar (jeweils 8). Der SV Auerbach musste in der Relegation nur einmal ran und machte mit einem 2:0-Erfolg - Walter Gsödl und Tobias Wittenzellner erzielten die Tore - in Hofkirchen gegen den SV Perlesreut den erstmaligen BOL-Aufstieg perfekt. Neben Spielertrainer Franz Huber waren vor allem Mittelfeldmotor Andy Schmid, Martin Weber sowie Angreifer Stefan Seeböck die überragenden Akteure des kleinen Dorfvereins aus dem Landkreis Deggendorf.