Die Lose ziehen Josef Müller (Vizepräsident Lotto Bayern) und Verbands-Spielleiter Josef Janker. Regelspieltag für das Viertelfinale ist der 3. Oktober. Gelost wird aus einem Topf, Heimrecht hat immer der unterklassige oder erstgezogene Verein (bei Klassengleichheit). Der Toto-Pokal-Sieger 2017/18 startet in der folgenden Saison in der lukrativen ersten DFB-Pokal-Hauptrunde.
Folgende Vereine haben sich für das Viertelfinale qualifiziert:
SpVgg Unterhaching, Würzburger Kickers (beide 3. Liga), TSV 1860 München, 1. FC Schweinfurt 05, SpVgg Oberfranken Bayreuth, SV Seligenporten, TSV 1860 Rosenheim und FC Memmingen (alle Regionalliga Bayern).