Aus der Landesliga Nord hat das aktuelle Spitzentrio SpVgg Selbitz, FC Kickers Würzburg und SpVgg Bayreuth die Unterlagen fristgerecht bis Montag, den 2. April (14 Uhr) beim Bayerischen Fußball-Verband eingereicht. Aus der Landesliga Mitte ebenfalls die ersten drei Teams, wobei die Bewerbung der momentan drittplatzierten Reserve des SSV Jahn Regensburg nur im Falle eines Aufstiegs der ersten Mannschaft in die Zweite Liga relevant wird. Gleiches hätte für die im Süden aktuell zweitplatzierte Reserve des SV Wacker Burghausen gegolten. Da die Oberbayern aber keine Bewerbung eingereicht haben, werden aus der Landesliga Süd der aktuelle Tabellenführer FC Augsburg II und der drittplatzierte BC Aichach um die sportliche Qualifikation für die Regionalliga Bayern kämpfen – vorausgesetzt, dass die Vereine die Zulassungskriterien erfüllen.
Hierüber werden die insgesamt 32 Bewerber vom Bayerischen Fußball-Verband bis zum 20. April 2012 endgültig informiert. Danach entscheidet die sportliche Qualifikation, wer in der Saison 2012/13 im neuen bayerischen Amateurfußball-Oberhaus an den Start geht.
Vereine aus der 3. Liga:
SpVgg Unterhaching
Vereine aus der Regionalliga Süd:
SpVgg Greuther Fürth II
FC Ingolstadt 04 II
FC Memmingen
FC Bayern München II
TSV 1860 München II
1.FC Nürnberg II
Vereine aus der Bayernliga:
FC Eintracht Bamberg
TSV Buchbach
SC Eltersdorf
FSV Erlangen-Bruck
VfL Frohnlach
TSV Großbardorf
SV Heimstetten
SpVgg Bayern Hof
FC Ismaning
TSV Rain/Lech
SB DJK Rosenheim
TSV 1860 Rosenheim
1.FC Schweinfurt 05
SV Seligenporten
Würzburger FV
Vereine aus dem Bereich der Landesligen:
SpVgg Selbitz (Nord)
FC Kickers Würzburg (Nord)
SpVgg Bayreuth (Nord)
SpVgg Landshut (Mitte)
SSV Jahn Regensburg II (Mitte)
SV Schalding-Heining (Mitte)
FC Augsburg II (Süd)
BC Aichach (Süd)
Vereine, die derzeit außerhalb des bayerischen Verbandsgebiets spielen:
SV Viktoria Aschaffenburg (Hessenliga)
FV Illertissen (Oberliga Baden-Württemberg)